Sin dalla costruzione della ferrovia Novara-Seregno, nel 1887, è esistito un raccordo tra la stazione di Busto Arsizio e quella di Busto Arsizio Nord, permettendo una comunicazione fra la rete delle FS e delle FNM.
Il primo raccordo fu sostituito da uno nuovo nel 1924, in seguito al completamento della variante della ferrovia Domodossola-Milano: fu usato spesso per servizi merci, negli ultimi tempi in particolare per i treni provenienti dalla ferrovia della Valmorea.

Con l'interramento della linea il raccordo divenne inutilizzabile, per cui furono avviati i lavori per il suo ripristino con la denominazione di "raccordo X". Fu aperto all'esercizio il 18 ottobre 2009 con l'attivazione della relazione Busto Arsizio RFI-Malpensa Aeroporto.