Cislago è posizionato nell'alta pianura lombarda, poco distante dalle Prealpi. Il territorio cislaghese è interessato da boschi e attraversato dal torrente Bozzente, nel nuovo corso extracittadino. Storicamente il paese è stato associato al Seprio e alla Valle Olona perché inserito nella Pieve di Olgiate Olona, pur non essendo lambito dal fiume. Amministrativamente Cislago appartiene alla provincia di Varese e, con Gerenzano e Saronno, forma una "penisola" tra le province di Como e Milano.