La stazione si trova a pochi minuti di cammino della frazione rurale di Saronno nota come Cascina Colombara e da una zona industriale. È direttamente collegata alla strada provinciale 527 Bustese.
La stazione fu attivata nel 1991, contemporaneamente al quadruplicamento della linea; venne costruita in una zona periferica come punto d'interscambio ferro-gomma, consentendo di ridurre l'intasamento intorno alla stazione di Saronno, posta nel centro della città.
Tra il 2010 e il 2012, furono realizzati i lavori di riqualificazione della ferrovia Saronno-Seregno che compresero anche l'impianto di Saronno Sud.
Nella variante della linea ferroviaria, infatti, fu previsto lo spostamento del tracciato verso meridione, allontanandolo quindi dalle abitazioni, e la sua ricostruzione in trincea. Si decise di far sottopassare Saronno Sud, per cui fu costruito un nuovo piazzale sotterraneo, a due binari, in modo che la stessa potesse essere utilizzata per il servizio viaggiatori della linea ricostruita.
Terminati i lavori, a partire dal 9 dicembre 2012 la fermata iniziò ad essere servita anche dalla S9 utilizzando la nuova linea