ll comune di Vanzaghello sorge all'estremità nord-occidentale della Città Metropolitana di Milano ed è al confine con la provincia di Varese, tramite i comuni di Lonate Pozzolo e Samarate. Fa quindi parte del comprensorio detto dell'Altomilanese. Il territorio comunale di Vanzaghello, è inserito nella lista dei comuni che fanno parte del Parco naturale lombardo della Valle del Ticino. Il territorio comunale è inoltre lambito, all'estremità sud-occidentale, dal torrente Arnetta. Sul territorio comunale di Vanzaghello è ubicata la stazione di Vanzaghello-Magnago, che serve anche il comune limitrofo, sulla ferrovia Saronno-Novara.

La stazione è anche punto di passaggio dal singolo al doppio binario. Inoltre il territorio comunale, nella zona commerciale confinante con Busto Arsizio, è attraversato da un tratto della Ferrovia Busto Arsizio-Malpensa Aeroporto. Nel 2006 è stata anche costruita una bretella di binari percorribile a 100 chilometri orari che permette l'instradamento di un treno da Malpensa Aeroporto in direzione di Vanzaghello e Novara senza bisogno di effettuare alcun regresso. Tuttavia, l'assenza momentanea di traffico merci sulla linea ha fatto sì che l'unico utilizzo della bretella sia finora stato il collegamento ferroviario ad Alta Velocità fra Torino Porta Nuova e Malpensa Aeroporto, effettuato per poche settimane del 2006, in concomitanza dello svolgimento delle Olimpiadi invernali di Torino 2006.