Nel gennaio 1998 veniva definito il piano dei lavori per il tronco Busto Arsizio – Malpensa. I lavori hanno preso avvio il 23 marzo 1998 e sono risultati di notevole entità. La tratta ha lunghezza di poco meno di 12 chilometri di doppio binario e i lavori hanno compreso la realizzazione di numerose opere di ingegneria civile tra cui la costruzione della stazione sotterranea di Ferno – Lonate Pozzolo (attivata il 18 ottobre 2009), del viadotto di 58 metri a travata metallica in campata unica per l'attraversamento del torrente Arno (Lonate Pozzolo), del “salto di Montone” tra i comuni di Busto Arsizio e Magnago per eliminare qualsiasi interferenza tra il doppio binario diretto a Malpensa e la linea che prosegue per Novara, oltre a cavalcavia, sottopassi e opere minori. Per l'alimentazione della linea di contatto, nonostante la brevità della tratta, in considerazione dell’elevata potenza assorbita dai mezzi impiegati, sono state realizzate due sottostazioni, una nel comune di Ferno, l’altra all’interno del complesso dei tre bivi di Sacconago. Questi ultimi costituiscono un aspetto decisamente interessante nel complesso dei lavori in quanto, mediante un percorso triangolare consentono l'accesso diretto a Malpensa oltre che dalla direttrice Milano – Saronno anche dalla direttrice di Novara.