La prima stazione di Merone fu aperta nel 1879 con l'inaugurazione della ferrovia Milano-Erba. Poiché il progetto della ferrovia Como-Lecco prevedeva il passaggio nei pressi dell'abitato di Merone, la società costruttrice della linea, la Società Italiana per le strade ferrate meridionali, chiese ed ottenne la possibilità di incrociarla con la linea delle Ferrovie Nord Milano.

Le due società ferroviarie cooperarono per la costruzione di un nuovo impianto nei pressi della località di Ponte Nuovo, da cui il nome alternativo di Merone-Ponte Nuovo, il quale fu aperto all'esercizio il 27 settembre 1888, pochi giorni prima dell'apertura della Como-Lecco.